「農業集落排水事業を円滑かつ適正に推進するため、それに関する技術開発、調査研究、普及、指導等を行い、もって農業用用排水の水質保全、農業用用排水施設の機能維持並びに農村環境の改善に寄与し、併せて公共用水域の水質保全に資することを目的」として、昭和58年8月1日に農林水産大臣の許可を受け、（社）日本農業集落排水協会が設立されました。

近年、バイオマス・ニッポン総合戦略に位置付けられている循環型社会形成の観点から、農業集落排水施設の処理水の再利用や汚泥の農地還元の促進等が重要となっており、従来の集排事業と併せて、有機性資源の利活用に関わる業務について積極的な展開を図るべく、平成16年度通常総会の議決を得て定款を変更し、平成16年7月1日の農林水産大臣の認可を得て（社）地域資源循環技術センターとして再出発しました。

平成23年4月1には農村環境の保全等に関する調査研究を行ってきた（社）農村環境整備センターと合併し、新たに（社）地域環境資源センターとしてスタートいたしました。

平成25年4月1日より、一般社団法人に移行しました。